Azərbaycanlıların Ermənistandan deportasiyasının sonuncu və öz miqyasına və icra üsullarına görə ən dəhşətli mərhələsi 1988-1991-ci illərə təsadüf etmişdir. 1948-1953-cü illərdəki deportasiyadan fərqli olaraq, o, Ermənistanın Azərbaycana qarşı ərazi iddiaları irəli sürməsi ilə eyni vaxta təsadüf etmişdi və buna görə də ağırlığı ilə fərqlənirdi. Vəziyyətin azərbaycanlılar üçün ağırlığı bununla bağlı idi ki, deportasiya azərbaycanlıların yaşadığı torpaqların tarixən ermənilərə məxsus olması iddiasına hüquqazidd əməllərlə haqq qazandırmaq istəyən Ermənistan inzibati və hüquq-mühafizə orqanlarının bilavasitə iştirakı ilə həyata keçirilirdi. Sosial tərkibinə görə, Ermənistandan olan azərbaycanlı qaçqınların əsas hissəsini tarixi yurdlarını, ata-babalarına məxsus otlaqları, əkinə yararlı torpaqları, çəmənlikləri və s. tərk edən kəndlilər təşkil edirdi. Onların yalnız kiçik bir hissəsi kiçik sənaye şəhərlərinin və Yerevanın (İrəvanın) sakinləri idi. Azərbaycanlılar erməni dilini bilir və ana dili olan Azərbaycan dilində olduğu kimi, bu dildə də səlis danışırdılar, lakin daimi ayrı-seçkiliyə məruz qalırdılar və hüquqları tapdalanırdı. Ermənistanda azərbaycanlılara "türk" olduqları daim hiss etdirilib. Deportasiya başlanandan sonra Ermənistanın müxtəlif rayonlarından olan azərbaycanlıların onlarla nümayəndə heyəti, minlərlə ayrı-ayrı vətəndaş ali hakimiyyət orqanlarına, partiya və hökumət rəhbərlərinə müraciət etmiş, onlara qarşı həyata keçirilən zorakılıq aktları barədə təşviş içində məlumat vermiş, onların qarşısının alınmasını xahiş etmişdilər. Bu alçaldılmış və təhqir olunmuş, yaxınlarını və ata yurdlarını itirmiş insanlar intiqam yox, ədalət istəyirdilər. Ancaq bütün bu siqnallar cavabsız qalır və onlara heç bir reaksiya verilmirdi. Azərbaycan SSR Nazirlər Sovetinin 2 dekabr 1988-ci il tarixinə olan məlumatına əsasən, Ermənistandan olan qaçqınların sayı artıq 78 min nəfərdən çox idi [17]. 1989-cu ildə SSRİ əhalisinin ümumittifaq siyahıya alınması üzrə məlumatlara əsasən, Ermənistan SSR-də hələ də 84 860 nəfər azərbaycanlı yaşayırdı - onlar Ermənistan SSR-i 1990-cı ildə tərk etmişdilər [18]. Qaçqınlar müvəqqəti olaraq keçid məntəqələrində yerləşdirilir, buradan isə gələcək yaşayış məskənlərinə göndərilirdilər. Azərbaycanlıların Ermənistandan köç etməsi ilə Ermənistanla Azərbaycan arasında münaqişənin miqyası artmışdır. Sovet Konstitusiyasının kütləvi şəkildə kobudcasına pozulduğu bir şəraitdə, Sovet rəhbərliyi qəbul etdiyi qərarlarda sadəcə bunu əsas götürürdü ki, ayrı-ayrı istehsal sahələrinin, nazirliklərin, hüquq-mühafizə orqanlarının rəhbərlərinin cəzalandırılması yolu ilə gücünə və formasına görə vulkan püskürməsinə bənzəyən bu siyasi prosesi dayandırmaq olar [19]. Moskvada Ali rəhbərliyin qəbul etdiyi qərarların məzmunu açıq şəkildə sübut edirdi ki, mərkəzi hakimiyyət münaqişənin kim tərəfindən başlanmasından, ilk qaçqın axınının haradan gəlməsindən asılı olmayaraq, bütün kritik vəziyyətlərdə münaqişə tərəflərinin məsuliyyətinin bərabərləşdirilməsi prinsipinə sadiq qalmışdır. Moskva baş vermiş faciənin humanitar və siyasi nəticələrini, onun azərbaycanlıların və ermənilərin birgə, qonşuluq şəraitində yaşadığı bütün yaşayış məntəqələrinə qaçılmaz təsirini anlamadı və layiqincə qiymətləndirmədi. Bu hadisələr göstərdi ki, Sovet rəhbərliyinin niyyətindən asılı olmayaraq, onun siyasi və təşkilati səylərinin ikimənalı xarakteri, tərəflərin bərabər məsuliyyəti taktikası prosesin idarəolunmaz hala gəlməsinin, münaqişə tərəfləri arasında getdikcə daha da şiddətli polemikaya sövq etməsinin və hər iki tərəfdə mərkəzi hakimiyyətə inamsızlıq yaratmasının əsas səbəblərindən biri idi. Beləliklə, 1988-ci ildən başlayaraq bir neçə il ərzində qaçqın fenomeni Azərbaycanın siyasi və sosial həyatının qarşısıalınmaz amilinə çevrildi. 1988–1989-cu illərdə azərbaycanlıların deportasiyası — vahid mərkəzdən idarə olunduğu və həyata keçirildiyi üçün bu deportasiyasının mərhələləri, xarakteri bütün Ermənistan ərazisi üçün eyni idi: "Hər yanda birinci mərhələdə erməni quldur dəstələri polisin və rayon rəhbərlərinin nəzarəti və iştirakı ilə azərbaycanlı evlərinə basqın edir, onların çıxıb getməsini tələb edirdilər". 1988–1989-cu illərdə Qərbi Azərbaycanda (Ermənistan) azərbaycanlı işçilər iş yerlərinə, uşaqları isə məktəbə buraxılmır, dükan-bazarda azərbaycanlılara ərzaq və sairə satılmır, azərbaycanlıların işığı, telefonu, suyu, qazı kəsilir, onların həyat şəraiti dözülməz vəziyyətə gətirilirdi. Bu, əsl mənəvi, psixoloyi terror idi ki, tez-tez fiziki terrorla da əvəz olunurdu.
Çox vaxt ermənilər azərbaycanlı evlərinə əvvəlcə cüzi qiymət qoyur, sonra hədə-qorxu gəlir, bir şey çıxmayanda ev-eşiyini dağıdır, od vurub yandırırdılar. Beləcə rayonların azərbaycanlı kənd və məhəllələri ev-ev boşaldılır, erməniləşdirilirdi. Xüsusilə ermənilərin qat-qat çoxluq təşkil etdiyi kəndlərdə azərbaycanlıların vəziyyəti dözülməz idi. Adamlar səhərə qədər bel, yaba, balta və s. ilə silahlanır, tonqal yandırıb küçələrdə keşik çəkirdilər. Lakin noyabrın sonlarında ermənilər bütün Ermənistan üzrə azərbaycanlı kəndlərinin üzərinə qəti hücuma keçdilər. Bir həftənin içərisində bütün azərbaycanlı kəndləri boşaldıldı, mal-mülkləri əllərindən alındı, ələ keçənlər qətlə yetirildilər. Azərbaycanlılar ayaqyalın, başıaçıq, qışın şaxtasında, qarında dağlara, meşələrə üz tutdular. Ölən öldü, donan dondu, ürəyi partlayanlar, ağlını itirənlər oldu… Bu, heç bir insanlıq qanununa sığmayan bir müsibət idi. Bu, tarix boyu qul olaraq yaşamış ermənilərin bütün insanlıqdan intiqam alması idi. 1988-ci ildə Qərbi Azərbaycan ərazisində 261 azərbaycanlı kənd və qəsəbəsi boşaldılıb ki, onlardan da xalis azərbaycanlılar yaşayan kənd və qəsəbələrin sayı 172-si, azərbaycanlılarla başqa millətlərin yanaşı yaşadığı qarışıq kənd və qəsəbələrin sayı isə 89-dur. Bundan başqa daha 6 şəhərdə digər millətlərlə yanaşı, azərbaycanlılar da yaşamışlar. Bu yaşayış məntəqələrində isə soydaşlarımızın sayı 49 min 928 ailədə 250 min nəfər olub. Bu yaşayış məntəqələrinin adı və bu məntəqələrin demoqrafik göstəriciləri indiyə kimi heç bir mənbədə tam şəkildə verilməyib. Həmçinin 1988–1989-cu illər soyqırımı zamanı Qərbi Azərbaycanda mövcud məlumatlara görə, 226 soydaşımız ermənilər tərəfindən öldürülüb, (güllələnib, qəsdən avtomobil qəzasına salınıb, dağ yollarında donub və s.) 400 nəfərdən çox adam bədən xəsarəti alıb. Bu da həmin illərdə ermənilər tərəfindən öldürülmüş və yaralanmış soydaşlarımızın tam siyahısı deyil. Əsas qaçqınlıq dövrü 1988-ci ilin noyabr-dekabr aylarına təsadüf etdiyindən soydaşlarımızın kolxozlarda olan illik əmək haqları da ermənilərə qalmış, bir çoxları dövlət banklarında olan əmanətlərini götürə bilməmiş, məcbur olub öz geniş bağ-bağçalarını, xüsusi evlərini Azərbaycanda dövlət binasında yaşayan ermənilərin 2–3 otaqlı mənzilləri ilə dəyişməli olmuşlar. Soydaşlarımızın fərdi təsərrüfatlarındakı əmlak da bütünlüklə ermənilər tərəfindən əvəzi ödənilmədən mənimsənilib. Qaçqın soydaşlarımıza məxsus bu əmlakın dəyəri Azərbaycan Qaçqınlar Cəmiyyətində torlanmış sənədlər əsasında təxmini hesablanaraq müəyyən olunub ki, təxminən ziyan 2,5 milyard ABŞ dolları təşkil edir. Kolxozlarda azərbaycanlılara məxsus olan 43789 baş iribuynuzlu, 454 660 baş xırda buynuzlu mal-qara, çoxsaylı ev quşları, arı ailələri, 170 mədəniyyət evi, 274 məktəb binası, 119 kitabxana, uşaq bağçaları, həkim məntəqələri, məscid binaları, 1381 yardımçı təsərrüfat tikintiləri, 2169 avtomaşın, 1976 traktor, 3132 kənd təsərrüfat texnikası, minlərlə hektar üzüm və meyvə bağları ermənilərə qaldı. Bunların hamısının dəyəri təxmini hesablamalarla 17,5 milyard ABŞ dolları təşkil edir. Qaçqınlara dəyən ümumi maddi ziyan 20 milyard ABŞ dolları təşkil edir. 1988-ci ilə kimi qərbi Azərbaycandakı 261 azərbaycanlı yaşayış məntəqəsinin 500-ə yaxın qəbristanlığı (bu kəndlərin böyük əksəriyyəti qədim yaşayış məskənləri olduğundan onlarda yeni qəbristanlıqlarla yanaşı çox vaxt iki, üç, hətta 4–5 köhnə və qədim qəbristanlıq vardı) erməni tapdağı altında qaldı və həmin qəbristanlıqların əksəriyyəti yer üzündən silinib. Bəzilərinin yerində rark salınıb, bəzilərinin ərazisi şumlanaraq əkin sahəsinə çevrilib. Qədim Urud qəbristanlığının izini itirmək üçün üzərinə 2 metr hündürlüyündə torpaq verilib, həmin ərazi illər ötdükcə kol-kos sahəsinə çevrilib…"
