Ermənistanla Azərbaycan arasında ərazi münaqişəsinin ən dəhşətli nəticələrindən biri də azərbaycanlı əhalinin Ermənistandan deportasiyası oldu. Ermənilərin 1905-1906-cı illərdə törətdikləri kütləvi qırğınlar XX əsrdə soydaşlarımızın məruz qoyulduqları soyqırımı və deportasiyalar silsiləsinin ilk mərhələsidir. Azərbaycan — erməni müharibəsi (1905–1906) — inqilab zamanı ermənilərin və tatarların (Rusiyada o zaman azərbaycanlılar əsasən buqulma ərazilərində yaşayan azərbaycanlılara bu ad verilirdi) arasında qafqazda ən amansız toqquşmalar Bakıda fevral və avqust aylarında baş verdi. Eyni zamanda 1905-ci ilin mayında Naxçıvan şəhərində baş verdi. 1905-ci ildə təxminən 158 Azərbaycan və 128 erməni qəsəbəsi dağıdılmış və 3-dən 10 minə qədər insan həlak olmuşdur. Bir tərəfdən, xristian erməniləri, və digər tərəfdən, Zaqafqaziyanın müsəlman xadimlərinin qan tökmələrinə baxmayaraq, çar hakimiyyəti müharibəni dayandırmaq üçün praktik olaraq heç bir səy göstərmədi. Rus-yapon müharibəsində məğlub olmuş Rusiya imperiyasında xalq çıxışları və o cümlədən milli azadlıq hərəkatları baş verirdi. Bunların qarşısını almaq üçün Çar Rusiyası rus şovinizmi dirçəlişi və xalqları bir-birinə qırdırmaq siyasəti həyata keçirməyə başladı. Bu siyasəti birinci növbədə Qafqazda həyata keçirtmək labüd sayıldı. Belə bir vəziyyətdən ermənilər istifadə etməyə şərait tapdılar. Çar Rusiyası erməniləri gizli sürətdə silahlandırdı və "erməni-müsəlman davası"nı təşkil etdi. İlk toqquşma Bakı şəhərindən başlayaraq, Şuşa, Zəngəzur, İrəvan, Tiflis, Naxçıvan, Ordubad, Eçmiədzin, Cavanşir, Qazax qəzalarına yayıldı. Hərtərəfli hazırlıq görüldükdən sonra ermənilər 1905-ci il fevralın ilk günlərindən Bakıda qırğın törətdilər, çox keçmədən İrəvanda iğtişaşlar kütləvi xarakter aldı. Kəndləri dağıdır, yandırır, günahsız insanları qılıncdan keçirirdilər. Ümumiyyətlə,1905–1906-cı illərdəki erməni-müsəlman davasında İrəvan və Yelizavetpol quberniyalarında 200-dən artıq kəndi ermənilər yerlə yeksan etmiş və əhalisini soyqırıma məruz qoymuşlar. Daşnaksutyun partiyası liderləri "erməni məsələsi"ni həll etmək,"Böyük Ermənistan" xülyasını reallaşdırmaq üçün bütün yerli təşkilatlara göstəriş göndərərək tələb etmişdi ki, İrəvan, Gəncə və Qarabağ mahallarında olan bütün türk kəndlərini viran qoysunlar, bu kəndləri yerli əhalidən, yəni azərbaycanlılardan birdəfəlik təmizləsinlər. Ancaq bu zaman bütün bunlara hökumət heç bir tədbir görmürdü. Əksinə bu çar hökumətinin istəyi idi. Meydana çıxan həm də "Böyük Ermənistan" xülyasını gerçəkləşdirmək yolunda "Daşnaqsütyun" və "Hnçak" partiyasının yeritdikləri amansız siyasətin mahiyyəti idi. "Türksüz Ermənistan"a nail olmaq üçün ən qatı millətçilikdən, ən qəddar vəhşilikdən istifadə etmək bu partiyaların mübarizə şüarı olmuşdu. Bu vəhşilikləri M. S.Ordubadi belə qələmə almışdır:"Həsən Əfəndinin qətl yerindən bir az şimala doğru bir palaz parçası göründü. Bu camaatın hamısını ağlatdı. Zira palazı kənara çəkən kimi 15 nəfər üzərində çiçək, yəni abidə əlaməti sönməmiş körpə cocuqların kəsilmiş başları və bir para bir-birinə qarışmış bədənləri göründü Cənub səmtdə həddən artıq arvad-uşaq bədənləri tökülmüşdü, küləyin şiddətindən yüksək təpələrdən qarlar cənazələrin üstə yığılmışdı. Amma yenə bədənlərində son nəfəsi olan qətl olmuş məzlum bacıların görünən qanlarından qarlar uzaqdan bahar lalələri kimi qızarırdı…" Ədib bu vəhşiliklərin səbəbini də ermənilərin avtonomiya-idarə muxtariyyatı həvəsində olmaqlarında görür. "Erməni məsələsi"-nin canı da məhz elə dənizdən-dənizə erməni dövləti yaratmaq "həvəsidir". XX əsrin əvvəlində bu "həvəs" nəticəsində törədilən iki qırğında təqribi hesablamalara görə öldürülən, yaralanan, ata-baba torpaqlarından didərgin düşən, digər təzyiq və məhrumiyyətlərə, amansız vəhşiliklərə məruz qalan azərbaycanlıların sayı iki milyona yaxındır. Daşnaqların bu siyasəti Birinci Dünya müharibəsi ərəfəsində daha geniş miqyas aldı.
Azərbaycanlıların Ermənistandan (Qərbi Azərbaycandan) deportasiyası və köçürülməsi hələ XVIII əsrdən başlanıb. Qərbi Azərbaycandan azərbaycanlıların, ümumiyyətlə müsəlmanların deportasiyası üç mərhələdə aparılıb: Birinci mərhələ 1905–1920-ci illər; İkinci mərhələ 1948–1953-ci illər; Üçüncü mərhələ 1988–1992-ci illər. Qərbi Azərbaycanda olan 18 mahalda elə bir kənd, elə bir məntəqə yox idi ki, erməni təcavüzünə məruz qalmasın. Dərələyəz mahalının XIX əsrin axırlarından etibarən 154 kəndi vardı ki, bunlardan 45 kənd 1905–1907-ci illərdə yerlə- yeksan edilmişdir. Erməni müəllifi Zavaryan "Qarabağın iqtisadi vəziyyəti və 1905–1907-ci illərdə aclıq" adlı əsərində yazırdı ki, 1905-ci ildə azərbaycanlılar qırğına məruz qalan zaman Şuşada 12, Cavanşir bölgəsində 15, Cəbrayılda 5, Zəngəzurda 43, cəmi 75 müsəlman türk kəndi yandırılıb dağıdılmışdır. 1905–1906-cı il erməni-müsəlman davası zamanı ermənilərin azərbaycanlılara qarşı törətdiyi qırğınları öyrənməkdə bizə Rusiyanın və Osmanlı dövlətinin də arxiv sənədləri kömək edir. Rusiyanın arxiv sənədindən Yelizavetpol dairə məhkəməsi prokurorunun 1905-ci il noyabr-1906-cı ilin yanvarında Yelizavetpol və Şuşa şəhərlərində və Yelizavetpol quberniyasının qəzalarında ermənilərin tatarlara qarşı qırğını haqqında təqdimat və raportlarını misal gətirmək olar. Bu arxiv sənədləri içərisində də Yelizavetpol Dairə məhkəməsi prokurorunun Tiflis Məhkəmə palatası prokurorunun adına 1905-ci il 5 dekabr tarixli təqdimatının Ədliyyə nazirinə göndərilmiş surətində 24 noyabrdakı atışmadan sonra zahiri sakitlik yarandığı, lakin vəziyyətin gərgin olaraq qaldığı bildirilir. Yelizavetpol hadisələrinin bütün quberniyaya təsir göstərdiyi qeyd edilir: Arxiv sənədində qeyd olunur ki, "Həmin iğtişaşlar bütün Yelizavetpol quberniyasının indiki vəziyyətinə böyük təsir göstərmişdir. Ermənilərin Şuşa, Zəngəzur, Karyagin və Cavanşir qəzalarında tatarlarla bu ilin avqust ayından bəri səngiməyən düşmənçilik toqquşmaları son zamanlar Yelizavetpol iğtişaşlarının təsiri ilə yeni qüvvə ilə güclənmiş və həmçinin digər qəzalara da keçmişdir. Arxiv sənədlərindən Yelizavetpol Dairə məhkəməsinin prokurorunun Tiflis Məhkəmə palatası prokuroruna 1906-cı il 25 avqust təqdimatında Şuşa şəhərində 12-23 iyulda baş verən hadisələrdən bəhs edilir. Ermənilərin faktiki olaraq ordu hissələri formalaşdırdığı qeyd edilir. Arxiv sənədində qeyd olunurdu ki, "Doğrudan da, iyulun 21-də yenidən… ermənilər tərəfindən başlanan bir də iyulunun 23-də səngiyən atışma baş vermişdir. Bu zaman zərər çəkən tərəf tatarlar olmuşdur. Onların 104 evi yandırılmış, 31 adam qətlə yetirilmiş və bir o qədər də adam yaralanmışdır. Ermənilərdən 28 adam yaralanmış, öldürülənlərin sayı hələlik məlum deyil. Ümumiyyətlə, bu məlumatlar çətin ki, dəqiq olsun, çünki hər iki tərəf bu məlumatları gizlədir. Tərəflər fərqli sistemli silahlarla silahlanmışlar: üçatılanlarla, bendankalarla, mauzerlərlə, Pibodi, Vinçestr və Manlixerlə: "dum-dum" güllələri ilə də atırdılar. Hər iki tərəfdən bir neçə yüz min atəş açılmışdıt. Ermənilər daha hazırlanmış və təşkilatlanmışlar: onların başçıları, carçıları, və şəfqət bacıları olan dəstələri yaradılmışdır" Rusiyanın arxiv sənədindən də göründüyü kimi münaqişəni ermənilər yaratmış və zərər çəkənlər də müsəlmanlar olmuşdur. Tiflis Ədliyyə prokurorunun Rusiya Ədliyyə nazirinə təqdim etdiyi hesabatda da Bakıda çıxan hadisələr üzərində dayanılır. Tiflis prokuroru, Bakıdakı hadisələrin məsuliyyətinin Bakı qubernatoru Knyaz Mixail Nakaşidzenin üzərinə düşdüyü barədə fikirlərinin geniş yayıldığını bildirir. Tiflis prokuroru, öz hesabatında son zamanlar ermənilərin Azərbaycan türklərini zorakılıq hərəkətləri ilə qızışdırmağa çalışdıqlarını vurğulayır. Bakı prokurorunun hadisələrlə bağlı apardığı araşdırmalar nəticəsində yazdığı 7 fevral tarixli və 2235 saylı hesabatında, məhbus Bala Əli Məşədi Məhəmməd Rzanın erməni gözətçiləri tərəfindən 12 yanvarda və Ağarza Babayevin bir erməni qrupu tərəfindən 6 fevralda öldürülmələrinin azərbaycanlıları ayağa qaldırdığına diqqəti çəkir. Bu son qətl hadisələrindən sonra Bakıda hadisələrin baş verdiyi və 9 və 20 fevral tarixləri arasında silahlı toqquşmaların yaşandığı bildirilir. Prokuror öz hesabatında ermənilərin yalnız müdafiədə qalmadıqlarını, özlərinin sıx yaşadıqları səmtlərdə azərbaycanlılara hücum etdiklərini yazır. Hesabatda qarşıdurmalarda ölən və yaralananların ümumi sayının bilinmədiyini, çünki xüsusilə, müsəlmanların ölülərini qeyd etdirmədən toplayaraq dəfn etdiklərini də bildirilir. Ancaq hadisələr əsnasında Bakıda 159, Bibiheybətdə 10, Balaxanıda 33 qətl təsbit edildiyini, bu qətl edilənlərdən 9 nəfərinin miliyyətinin müəyyən olunmadığını, 4 nəfərin gürcü, 9 nəfərin rus, 25 nəfərin Azərbaycan türkü və 155 nəfərin isə erməni olduğu hesabatda qeyd edilir. Yaralıların ümumi sayının isə 159 nəfər olmaqla, bunlardan 41 nəfərinin Azərbaycan türkü və 73 nəfərinin isə erməni olduğu qeyd edilir. Prokurorun öz hesabatında ölənlərin sayında zidiyyətlər var. Çünki prokurorun bu hesabatında ifadə etdiyi kimi, müsəlmanlar ölənlərini qeydiyyata aldırmadan toplayaraq dəfn etdikləri üçün azərbaycanlıların itkilərinin göstərilən rəqəmlərdən daha çox olması ehtimal edilir. Həmçinin qeyd etmək lazımdır ki, 1905–1906-cı il erməni-müsəlman davası zamanı müsəlmanların qırğına məruz qalması haqqında bizə Osmanlı dövlətinin arxiv sənədləri də qiymətli məlumatlar verir. Osmanlı dövlətinin arxiv sənədinə misal olaraq Şuşa qəzasında dağıldılan müsəlman kəndləri haqqında 216 nömrəli sənədi qeyd etmək lazımdır. Həmin bu sənəddə Osmanlı dövlətinin Peterburqdakı səfirliyindən Osmanlı dövlətinin Xarici İşlər Nazirliyinə teleqram göndərildiyi və bu teleqramda Qafqazda müsəlmanların zərə görməsi ilə bağlı Rusiya hökumətinə olunan müraciətlər barədə məlumat verilir. Cavab olaraq da Tiflis Məhkəmə palatası tərəfindən 27 fevral 1906-cı ildə vurulan 1029 nömrəli teleqramda Gəncə sancağına (Osmanlı arxiv sənədində Gəncə sancağı kimi qeyd olunasa da Yelizavetpol quberniyası nəzərdə tutulub) tabe olan Şuşa qəzası daxilində ermənilər tərəfindən 19 kəndin dağıdıldığı qeyd olunub. Həmin kəndlər Xankəndi, Malkəndi, Qacar, Abdal, Kolanı, Papervend, Şəlli, Quratlar, Gülablı, Qaradağlı, Dovanalılar, Dəlili, Xanəzək, Qaib Əli kəndi, Xəlifəli, Kərki Cahan, Can Həsən, Xocalılar və Həsən-abad kəndləridir. 1918-1920-ci illərdə azərbaycanlı əhalinin soyqırımının və azərbaycanlıların Ermənistandan deportasiyasının əsas səbəbi ermənilərin "Böyük Ermənistan" yaratmaq xülyası idi. Ərazi əldə etməyə və etnik ərazini süni şəkildə genişləndirilməyə güclü meyil, mədəni üstünlüyə və yaşayış yeri ilə bağlı xüsusi hüquqlara malik olmaq ideyası ermənilər arasında total xarakter almışdı. Erməni şovinistləri hesab edirdilər ki, "Böyük Ermənistan" əhalinin əksəriyyətinin iradəsinə arxalanmaqla yox, silah gücü ilə, zorla qəbul etdirilə bilər. Xülyası qurulan gələcək dövlət müsəlmanlardan (azərbaycanlılardan) təmizlənmək yolu ilə xarabalıqlar və günahsız "yadellilər"in meyitləri üzərində qan və dəmirlə qurulmalıdır. Əvvəlcə Osmanlı Türkiyəsinin ərazisində, 1918-1920-ci illərdə isə Cənubi Qafqazda "Böyük Ermənistan" üçün ərazinin formalaşdırılması ilə bağlı bu məkrli planın gerçəkləşdirilməsi lap əvvəldən kəskin qarşıdurmanın və müsəlman (azərbaycanlı) əhalinin soyqırımının qaçılmazlığı ilə bağlı idi. 1918-ci ilin mayında Cənubi Qafqazda ilk dəfə yaradılmış erməni dövlətinin tərkibinə daxil olan İrəvan quberniyasının qəzalarında baş verən dəhşətli hadisələr Şimali Azərbaycanın şərqində, Bakı quberniyasında 1918-ci ilin yazında Bakı Sovetinin bolşevik-daşnak birləşmələrinin azərbaycanlı əhaliyə qarşı soyqırımı törətdiyi hadisələrlə, demək olar ki, eyni vaxtda başlamışdı. Birinci Dünya müharibəsi dövründə Şərqi Anadoluda türk-müsəlman əhalini qətlə yetirməkdə zəngin təcrübəsi olan, təpədən dırnağacan silahlanmış erməni dəstələri Qafqaz cəbhəsini tərk edən rus ordusu ilə birləşərək 1918-ci ilin əvvəllərində İrəvan quberniyası ərazilərinin azərbaycanlı əhalidən təmizlənməsi istiqamətində bir sıra silahlı aksiyalar həyata keçirmişdilər. Azərbaycanlı əhaliyə qarşı zorakılığın miqyasına dair tam təsəvvürə malik olmaq üçün "1918-ci ilin mart ayına qədər İrəvan quberniyasının qarət olunmuş və tərk edilmiş müsəlman (Azərbaycan) kəndlərinin siyahısı" ilə tanış olmaq kifayətdir. Bu siyahıya İrəvan quberniyasının İrəvan, Sürməli, Eçmiədzin və Novo-Bəyazid qəzalarında erməni silahlı dəstələri tərəfindən qarət olunmuş və nəticədə müsəlman (azərbaycanlı) əhali tərəfindən tərk edilmiş 199 kəndin adı daxil idi. Bununla yanaşı, dinc sakinlərin fiziki məhvi, qanlı qırğınlar, vəhşiliklər, hədə-qorxu, panika yaradan şayiələr - bütün bunlardan ermənilər kökü buradan olan insanları ulu babalarının əsrlər boyu yaşadığı torpaqlardan çıxmağa məcbur etmək üçün istifadə edirdilər. Beləliklə, ermənilərin kompakt yaşadıqları məskənlər süni şəkildə yaradılmışdı və Türkiyədən erməni qaçqınların axını hesabına durmadan genişlənir və böyüyürdü. 1918-ci il may ayının sonlarında İrəvan quberniyası ərazisində Cənubi Qafqazda əvvəllər sahəsi 10 min kv. km-dən çox olmayan Ararat Respublikası yaradıldıqdan sonra isə soyqırımı siyasəti artıq dövlət səviyyəsində həyata keçirilməyə başladı. Bütün bunlar 4 iyun 1918-ci il tarixli Batum müqaviləsinin 6-cı bəndinə əsasən Ermənistan hökumətinin ölkə ərazisində yaşayan müsəlmanların (azərbaycanlıların) təhlükəsizliyini və azad inkişafını təmin edəcəyinə, onların ana dilində təhsil almalarına və dini ayinlərini həyata keçirmələrinə şərait yaradacağına dair öhdəlik götürməsinə məhəl qoyulmayaraq həyata keçirilirdi.
