Sovet hakimiyyəti dövründə azərbaycanlıların Ermənistandan köçü davam etmişdir. Bu proses xüsusilə İkinci Dünya Müharibəsindən sonra güclənmiş və SSRİ-nin süqutuna qədər daimi tendensiya şəklini almışdı. Azərbaycanlı əhalinin Ermənistan SSR-dən Azərbaycan SSR-in Kür-Araz ovalığına köçürülməsi barədə SSRİ Nazirlər Sovetinin 23 dekabr 1947-ci il tarixli Qərarı İ.Stalinin imzası ilə qəbul edilmişdi. Fərmana əsasən, Ermənistandan 100 min nəfərlik azərbaycanlı əhalinin 1948-1950-ci illər ərzində köçürülməsi nəzərdə tutulurdu. Proses Azərbaycanda azərbaycanlıların Ermənistan SSR ərazisindəki tarixi-etnik torpaqlarından məcburi köçürülməsi və etnik təmizləməsi olaraq qiymətləndirilir. Azərbaycanlıların köçürülməsinə səbəb ABŞ, Avropa, Yaxın Şərq ölkələrində yaşayan ermənilərin guya Vətənə köçmək istəyi idi. Azərbaycanlı əhalinin Ermənistandan köçürülməsi xarici ölkələrdən köçürülən ermənilərin qəbul edilməsi və yerləşdirilməsi şərtlərini xeyli yüngülləşdirirdi. Buna görə də, qərara əsasən, azərbaycanlı əhalinin köçürülməsi nəticəsində azad edilən tikililər və yaşayış evləri gələn erməni əhalinin məskunlaşması üçün istifadə olunurdu [13]. Ermənistandan köçürülən azərbaycanlılara güzəştlər və kreditlər verilsə də, onlar faktiki olaraq, ilk növbədə, öz torpaqlarından, tarixlərindən, mədəni irslərindən, ata və babalarından miras qalmış şəxsi evlərindən, bütün daşınmaz əmlakından qarşılıqsız olaraq məhrum olurdular. İstənilən halda, faktlar onu göstərir ki, planlaşdırılan sayda azərbaycanlı ailənin Ermənistandan köçürülməsini müəyyən edilmiş müddətdə həyata keçirmək mümkün olmayıb. Ona görə də 1950-ci il sentyabrın 6-da SSRİ Nazirlər Soveti "1951-1955-ci illərdə Azərbaycan SSR-in Kür-Araz ovalığının kolxozlarına köçürülmə haqqında" yeni qərar qəbul edir. Həmin qərara əsasən, müəyyən edilmiş müddət ərzində Ermənistan SSR-dən 15 min kolxozçu və digər azərbaycanlı əhalinin köçürülməsi nəzərdə tutulurdu. Deportasiya üçün lazımı vəsaitin və maddi-texniki yardımın ayrılması sənəd üzərində nəzərdə tutulsa da, bu həyata keçirilməmiş və ya çox zəif şəkildə həyata keçirilmişdir. Deportasiyaya məruz qalanların əksəriyyəti bundan şikayətçi olmuşdur. Həmçinin deportasiya edilənlərin heç olmasa, öz yaşadıqları yerin iqliminə bənzər regiona köçürülmə istəkləri də rədd edilmişdir. Sənəd üzərində könüllülük əsasında həyata keçirilməsi nəzərdə tutulsa da, dövlətin gücü istifadə edilməklə bəzən zorakılıqla həyata keçirilmişdir, çünki deportasiya edilənlərin əksəriyyəti köçmək fikrində olmamışdır. Deportasiyaya məruz qalanların dəqiq sayı bəlli deyil. Onların sayının 50 mindən çox olması güman edilir. Deportasiya Sovet İttifaqının mütləq rəhbəri olan İosif Stalinin ölümündən sonra yavaşlamış, 1956-cı ildə isə tamamilə dayandırılmışdır. Beləliklə, Moskva köçürmə kampaniyasının müddətini uzadaraq azərbaycanlıların Ermənistandan köçürülməsinə, 23 dekabr 1947-ci il və 10 mart 1948-ci il tarixli əvvəlki qərarlara əsasən müəyyən edilmiş 100 min kimi arzuolunan rəqəmə nail olmağa çalışırdı. Lakin Azərbaycan SSR-in Kənd Təsərrüfatı naziri İ.Abdullayevin Azərbaycan KP MK-nın katibi İ.Mustafayevə və respublika Nazirlər Sovetinin sədri T.Quliyevə ünvanladığı 13 oktyabr 1953-cü il tarixli məktubundan görünür ki, Moskva öz niyyətinə tam şəkildə çatmamışdır. 1948-1953-cü illər ərzində Ermənistan SSR-dən 11914 təsərrüfat (53000 nəfər) Kür-Araz ovalığına köçürülmüşdü.
1953-cü ildə İ.Stalinin ölümündən sonra azərbaycanlıların Ermənistan ərazisindən köçürülməsi prosesinin intensivliyində dayanıqlı azalma müşahidə olundu. Bu, bir tərəfdən, Sovet hakimiyyətinin müəyyən etdiyi müddətdə və sayda azərbaycanlının köçürülməsi planlarının yerinə yetirilməməsi, digər tərəfdən isə əsasən Qərbdə kifayət qədər rahat həyatını Sovet Ermənistanında üzləşdikləri ağır sosial-məişət şəraitinə dəyişmək istəyən ermənilərin sayının kəskin şəkildə azalması ilə bağlı idi. Buna baxmayaraq, hətta köçürülmə kampaniyasının öz qızğınlığını itirdiyi vaxtda belə, Ermənistanda "ikinci sort" insan olduqlarını hiss edən azərbaycanlıların tədricən, yavaş-yavaş baş verən köçü qaçılmaz oldu və SSRİ-nin süqutuna qədər tədricən daimi tendensiya şəklini aldı. 1920-ci ildən 1929-cu ilə qədər təxminən 28 min erməni Sovet hökumətinin dəvəti ilə Ermənistanda məskunlaşmışdı. Bu yeni gələnlər əsasən Yunanıstandan, İraqdan, Türkiyədən, Fransadan və Amerika Birləşmiş Ştatlarından idilər. Qarabağ üzərinə olan iddiaların həyata keçməməsindən sonra Ermənistan rəhbərliyi bir başqa məsələ üçün bir daha Stalinə müraciət ünvanladı. Bu müraciətdə xaricdən ermənilərin Ermənistana köçürülməsi ilə bağlı bəzi problemlərin ortadan qaldırılması nəzərdə tutulmuşdu. Arutunov xaricdən gəlməsi planlanan ermənilər fonunda Ermənistanda torpaq və infrastruktur qıtlığının olduğu vurğulanırdı və həll kimi də Ermənistanda yaşayan azərbaycanlıların Azərbaycana köçürülməsi təklif edilirdi. Bu zaman azərbaycanlıların tərk etdikləri torpaqları və mülkləri yeni gələn ermənilərə verilməli idi. Sovet rəhbərliyi bu planı guya Azərbaycanın Kür-Araz ovalığındakı pambıq təsərrüfatlarında işçi gücünə ehtiyacının olması ilə əsaslandırmaqda idi (Resolution of the Council of Ministers of the USSR No. 4083, Shafiyev, 2019, 184). Hələ 1943-cü il noyabrın 28-dən dekabrın 1-dək SSRİ, ABŞ və İngiltərənin iştirakı ilə keçirilən Tehran konfransında Sovet-İran münasibətləri müzakirə edilərkən, gələcəkdə "Böyük Ermənistan" dövləti yaratmaq xülyasında olan ermənilər əlverişli şəraitdən istifadə edərək, SSRİ xarici işlər naziri V. Molotova müraciət edib, İranda yaşayan ermənilərin SSRİ-yə köçürülməsinə icazə istəmişdilər. V. Molotov məsələ ilə bağlı İ.Stalinlə danışdıqdan sonra onların Ermənistan SSR ərazisinə köçürülməsinə razılıq vermişdi. 1946-cı il oktyabrın 19-da SSRİ Ali Soveti Rəyasət Heyəti xarici ölkələrdə yaşayan ermənilərin Ermənistan SSR ərazisinə köçürülməsi ilə bağlı Fərman verdi.[63] Ermənilərin Ermənistan SSR-ə repartasiyası "Daşnaksutyun" partiyasının 1947-ci ilin iyununda keçirilmiş XIV konqresinin qəbul etdiyi qərarlarla bilavasitə bağlı idi. Bu qərarlarda isə deportasiyanın "azərbaycanlıların yaşadıqları torpaqların boşaldılması və Ermənistan sərhədlərinin genişləndirilməsi" şəraitində baş verdiyi iddia edilirdi. Bu işə Qriqorian kilsəsi də xeyir-duasını vermişdi. Xaricdən ermənilərin köçürülməsi prosesi zaman 1946-cı ildən 1948-ci ilə qədərki dövrdə Ermənistana 90 min insan köçmüşdür. Ümumilikdə, 1946–1975-ci illər ərzində xaricdən SSRİ-ə köçən ermənilərin sayı təxminən 150 min nəfər olmuşdur və onların demək olar ki, hamısı Ermənistan ərazisində yerləşdirilmişdir. Tarixçilər Barbara A. Anderson və Brian D. Silver ümumiyyətlə SSRİ dönəmində ölkədə yaşayan ermənilərin sayının durmadan artmasını xaricdən köçürülən ermənilərlə izah etmişdirlər.
